I terremoti del 1832 fecero crollare la navata centrale sino alla crociera, tratti di quelle laterali e la parte superiore della facciata, rimanendo salve la cupola, l'abside.

Sotto la cupola si trova il fulcro della Basilica, ossia la Cappella della Porziuncola che appare come una piccola chiesa. Al principio del ‘200 la chiesetta, abbandonata tra le querce, apparteneva alle querce ai Benedettini del Subasio. Attorno al 1205, Francesco vi stabilì la sua dimora, la restaurò e vi fondò l'Ordine francescano. Attorno alla Porziuncola furono erette le prime capanne dei frati, di creta e canne. Fu questo il luogo dove il santo dimorò più di frequente, dove dette il saio a Chiara (1212) e nel quale si tenne il capitolo detto "delle stuoie" (1221), cu intervennero più di 5000 frati. Secondo la tradizione, qui San Francesco ottenne dalla Vergine l'indulgenza plenaria.

La Porziuncola è una costruzione rettangolare, molto semplice, in sasso policromo del Subasio. La parte superiore della facciata è coperta da un affresco (S. Francesco implora da Gesù e da Maria la concessione dell'indulgenza del Perdono), di Friedrich Overbeck da Lubecca (1829). Nel fianco destro si vedono i resti di due affreschi del ‘400 d'influsso senese: Madonna col Bambino in trono e i Ss. Francesco e Bernardino e San Bernardino. Nella parte posteriore, il Calvario (di cui è perduta la parte superiore), affresco del Perugino. L'interno (i battenti della porta sono del ‘400) è a volta ogivale, un po' annerito dal fumo delle lampade; all'altare, Annunciazione e storie del Perdono, grande tavola di Olario da Viterbo (1393), cui si deve anche la fascia affrescata sulla volta con gli Evangelisti; sulla parete sinistra, affresco con l'Imago Pietatis.

Palazzo del Popolo

Il Palazzo del Capitano si trova nella piazza principale di Assisi, Piazza del Comune. A sinistra del Tempio di Minerva, fu costruito a metà del XIII secolo e il 1282, fu ripristinato e dotato di merlatura nel 1927 assieme alla vicina Torre del Popolo, compiuta nel 1305, alla cui base sono murate le misure dei mattoni e delle tegole in uso nel 1348.  La torre ha una pianta quadrata ed è alta ben 47 metri.

Nel 1282, il Capitano Guido de' Rossi da Firenze fece murare il proprio stemma tra due scudi, con la croce simbolo del comune.

Le stanze che si trovano a pianoterra conservano muri dipinti da Adalberto Migliorati, che rappresentano i mestieri medievali.

Il primo piano della struttura ospita la sede e la biblioteca della Società Internazionale di Studi Francescani.