Nonostante l'ampio intervento subìto, il portale rimane esempio della tecnica  delle   maestranze operanti in città nel XIV secolo. Semplice e severa è la linea architettonica dell'abside, con le tre cappelle di fondo sormontate da una volta  ad arco gotico. Sulle pareti sono presenti affreschi quattrocenteschi di scuola senese, marchigiana ed umbra tra i quali una "Crocifissione" , una "Annunciazione e Santi" e un "San Antonio Abate" .

I due altari rinascimentali ai lati dell'altare maggiore custodivano la "Crocifissione" di Raffaello, dipinta attorno al 1503 per conto della famiglia Gavari, oggi alla National Gallery di Londra, e il "Martirio di San Sebastiano" di Luca Signorelli, dipinto nel 1498 per la famiglia Brozzi e oggi conservato nella Pinacoteca Comunale tifernate. Nell'altare maggiore è conservato il corpo della Beata Margherita (1287-1320) terziaria domenicana, detta la Cieca della Metola, dal luogo dove nacque. Il coro ligneo, formato da 26 stalli con splendidi intarsi, collocato nell'ampia abside, è una preziosa opera di Manno dei Cori. Il portale, restaurato nel 1939, è opera del maestro scalpellino Pietro Pazzaglia.  Sopra il portale si trova un affresco del pittore tifernate  Aldo Riguccini.